El pleno municipal convocado para el día 18 de Julio no puede celebrarse a consecuencia de la  declaración del estado de guerra y la subsiguiente detención de la mayoría de los concejales, a pesar de que la gestora municipal no hace la más mínima resistencia  al Jefe de Línea de la Guardia Civil, alférez Osado Labrador, a quien le entrega las llaves del ayuntamiento. Acto seguido tienen lugar otras detenciones de dirigentes políticos, sindicales  y militantes de izquierdas, ello hace que el miedo se apodere de no pocas personas que huyen al campo y a otros pueblos del entorno. A la vista de ello en el paseo del Fresno -entonces llamado de la República-, se concentran grupos de jornaleros animados por militantes de izquierdas, que son  dispersados por el alférez de la guardia civil y miembros de falange que dispararon varios tiros al aire (esta fue la única resistencia que ofrecieron los militantes de izquierdas y las capas populares ruteñas)

Diez días más tarde, el 28 de Julio, vuelve a ser acto de presencia en el Ayuntamiento
el alférez Osado Labrador y «de acuerdo con el Consejo Local de Falange» Constituye la nueva gestora municipal. A continuación depuran a los funcionarios que  han intentado secundar la huelga general que se propugna desde Madrid, por lo que son considerados como elementos  izquierdistas, cambian el nombre de aquellas calles que recuerdan al régimen republicano y otras medidas que generalmente se aplican en los pueblos que ha triunfado el movimiento.

La participación de Rute en la contienda civil, una vez consolidado el alzamiento militar, fue la de asegurarse, desde los primeros días el corredor con Iznájar, a través del Remolino donde se encocntraba la fábrica de la luz suministradora y que al estar en poder de los milicianos del frente popular, durante los primeros días de la contienda y hasta que se posesionaron de ella,  privaron a Rute de fluido eléctrico; también organizó una expedición para ocupar Cuevas de San Marcos, cosa que consiguió al segundo intento, con ayuda de la guardia civil y falangistas de Lucena.

La postguerra transcurre entre la carestía de alimentos y la crisis de trabajo agudizada  tanto por las malas cosechas de aquellos años, como por el aumento de población que  produce la vuelta de muchos ruteños, la mayoría provenientes de la zona republicana y que esperan  en sus familias y en su pueblo una ayuda que les permita afrontar aquellos difíciles años,  en los que tampoco faltaron  los sobresaltos de los «maquis» que merodearon por los alrededores en los que tienen varios enfretamientos con la guardia civil, quien al final desarticula el comando.

La liberalización  de la economía  que se inicia en los años finales de los años cincuenta y se estabiliza en la década de los sesenta hasta el estallido de la crisis mundial en las postrimerías del franquismo, produce en Rute una época de bonanza en buena parte por la emigración masiva de ruteños a las zonas industrializadas del Estado e incluso al extranjero, con lo que cede la presión social y por otro lado,  las obras públicas que emprende el ayuntamiento como la conducción de agua a todo el vecindario, el pavimento de la mayoría de las calles y, particularmente, las obras del Pantano de Iznájar,  lo que permite al pueblo una  recuperación económica,  en la que cada vez va adquiriendo más importancia, junto a la tradicional industria aguardentera, la que se va incorporando del  sector agroalimentario y metalúrgico. No obstante la nueva política competitiva está marcando unas nuevas pautas que no todos los industriales han podido seguir. Los años sesenta y setenta serán decisivos para su potenciación o su cierre. De esta forma las fábricas de anisados se reducen de treinta y cuatro que había a principios de los años sesenta a diez, para en la actualidad quedar en la mitad. Si al principio esta crisis fue ocasionada por la falta de competividad frente a otras industrias foráneas del sector, en los últimos años la causa ha sido el cambio que progresivamente  se ha ido incorporando con las «movidas» de los fines de semana, de la que parece que se está recuperando el sector con la incorporación de nuevos productos más en consonancia con la demanda de las nuevas corrientes. 

Algo parecido experimentó la industria del mantecado; el mercado exigía un crecimiento que le permitiera hacer el producto competitivo y ello llevó, a principios de los años setenta, a la decena de fabricantes de dulces de navidad a unirse en una gran fábrica: Andaluza de Alimentación, que solamente trabajó una campaña, con lo cual lejos de lograr los objetivos propuestos, para la mayoría de los fabricantes sería el final de sus empresas. En la actualidad cuenta Rute con tres fábricas de estos productos que con toda seguridad han de superar con mucho, la producción de la situación anterior, por lo que el sector se encuentra en plena expansión.

La vocación periodística de Rute,  aunque con las limitaciones que imponía el régimen,  estuvo representada principalmente  en dos publicaciones de los años cincuenta, con la publicación de  «el Enlace de Rute» que, como su nombre indica, pretendió ser el vehículo que acercara a la gran cantidad de ruteños que a diario emigraban a otras tierras con su patria chica. Poco más de un año de vida tuvo este medio de comunicación; a su desaparición (a partir del 13 de Noviembre de 1957)  se editó «Ecos parroquiales»,  (13-XI-58 al 16-XII-61) con el subtítulo de «suplemento al Boletín Oficial del Obispado de Córdoba,  única forma de que estuviera dentro de la legalidad en aquellos años anteriores a la aprobación de la reforma de la Ley de Prensa en Imprenta, la famosa Ley de Fraga, con la que el franquismo inició una tímida y recortada apertura. Tanto un medio como otro  eran, como no podía ser de otra manera  fiel expresión de lo que se ha llamado el Nacional Catolicismo, o sea órganos oficiosos del poder constituido, aunque sus páginas estuvieran abiertas a colaboradores ajenos a su consejo de redacción. Más tarde en plena transición democrática se editó «Hagamos», que aunque vivió casi en una permanente crisis, fue el periódico de más larga vida de la história periodística de Rute (doce años).  En sus páginas leyeron los ruteños y aprendieron conceptos como: democracia, autonomía, pluralidad política, soberanía del pueblo, derecho a la  huelga, constitución, libertad, etc. Sin duda este medio, colaboró y no poco a crear conciencia ciudadana y ayudó a que muchos ruteños maduraran social  y políticamente. Después han salido otros periódicos como «El Canuto» y «La Voz de Rute», desgraciadamente de poca duración.

A principios de los años sesenta Rute da un paso importantísimo en el campo educacional y formativo, con la creación del Colegio Scala Coeli, que comprendía desde párvulos hasta bachiller, con internado incluido, lo que hizo que vinieran alumnos de los más apartados rinconces de nuestra geografía a estudiar a Rute. A continuación el Ayuntamiento puso en marcha el Colegio Libre Adoptado «Sagrado Corazón de Jesús», académicamente dependiente del Instituto Aguilar y Eslava de Cabra, y económicamente del Ayutamiento, con lo que seguramente y por primera vez en su historia Rute tenía las plazas necesarias para la total escolarización, si no también la posibilidad de escoger colegio. Ello permitió que ocho años más tarde se creara en Rute el primer Instituto de Segunda Enseñanza de la provincia, después del Aguilar y Eslava, de Cabra. Previo a este salto cualitativo y cuantitativo fue la ampliación de las aulas del Colegio Ruperto Fernández Tenllado y la creación del Colegio Virgen del Carmen y Virgen de la Cabeza (hoy, junto al que fuera José Joaquín Roldán, Fuente del Moral).