Municipio
La Edad Moderna
En torno a su iglesia parroquial se va formando el Rute actual cuyas calles se van extendiendo a lo largo de las realengas que llevan a Granada de un lado y en setido contrario a Cabra y a Lucena y transversalmente a Priego. Para acrecentar su población D. Juan hizo venir gentes de Segovia, Iznájar, Lucena y otros lugares, a los que repartió tierras y concedió otros beneficios, y para desarrollar su economía estableció el 3 de Mayo de 1564 una feria franca entre el segundo y cuarto domingo de Mayo; y el 2 de Junio de 1571 creó el Pósito, dotándolo con seiscientas fanegas de trigo, a la vez que mandaba que con sus beneficios se celebrara la fiesta del Santo Angel de la Guarda, patrón de la villa.
D. Juan se entregó con tal entusiasmo al desarrollo de Rute que bien puede ser considerado como el padre del Rute actual. Él mismo con gran satisfacción y legítimo orgullo de tal forma se autodefine en repetidas ocasiones.Así lo explica en el documento por el que concede a Rute la feria «...Y por que como por la voluntad divina puedo dezir que e sido el primer fundador y señor de esta villa y que en mi tiempo se a poblado y edificado y multiplicado toda la poblaçión y jente que ay en ella, y como hechura de mis manos, y a quien yo tengo tanta voluntad y amor deseo todo acreçentamyento y lo e procurado y procuro, ay así por estos respetos, como por otros muchos que a ello me mueven, quiero y es mi voluntad que en esta dicha villa en cada uno año, perpetuamente para siempre jamás, se haga una feria franca y libre de todos derechos para que en ella se puedan vender y vendan todos e qualesquier ganados y marcadurías de cualquier manera...» 
Al amparo de su Iglesia Parroquial se van erigiendo una serie de hermitas que están dedicadas a la Santa Vera Cruz, Ntra. Sra. de la Cabeza, San Pedro, San Sebastián; San José y San Cristóbal y, más tardíamente, la de Ntra. Sra. del Carmen. También en Zambra se erige la ermita de San José y en el Valle de Viudera la de San Roque, junto al monasterio franciscano que fundara en 1575 Don Alonso Domínguez, natural de Rute y vicario de las Iglesias de Iznájar.
La mayoría de estas ermitas son levantadas por su propias cofradías para albergar y dar culto a sus Sagrados Titulares. Así mismo en la Parroquia también se erigen otras asociaciones religiosas como la del Santísimo Sacramento (la primera), de la cual surge la cofradía de la Vera Cruz, la de las ánimas benditas, la de la Purísima, Virgen del Rosario, y la de Jesús Nazareno, ´
Son tiempos de frecuentes fundaciones religiosas. Sin duda la piedad y práctica religiosas eran un signo definitorio, máximo en pueblos como Rute que habían sido durante muchos años frontera y habían convivido tanto con los seguidores de Mahoma; además contaba con no poca presencia de judíos y moriscos, por lo que el rey Felipe II, para no aumentar el número de éstos, le niega al señor de Rute que traslade a estas tierras los que les puedan corresponder al hacer el repartimiento de los mismos después de la guerra de las Alpujarras, en las que intervino el Conde de Cabra, en evitación de un foco de rebeldía, a lo que el conde interpone recurso, asegurando al propio tiempo el estado de paz en que se desenvuelve la vida ruteña.
Sin embargo la represión del Santo Oficio se deja sentir entre sus gentes e incluso entre las principales de la villa, como le ocurrió al propio abad, Don Juan, con un esclavo morisco que tenía, llamado Diego de Aulí, natural de Granada y vecino de Rute, al que la influencia de su amo no le libró de ser condenado «En cuerpo, soga, vela abjuración de vehementi, doscientos azotes, y que se encargue a su amo que le haga instruir en las cosas de la fe», a pesar de que el procesado siempre negó el comentario de opinión que le imputaban.
No obstante en los más de tres siglos de presencia del Santo Oficio en Rute, más de cuarenta ruteños tuvieron como un alto honor pertenecer al mismo, para lo que se requería un expediente de limpieza de sangre. Así pues, buena parte de su clase política y religiosa formó parte del mismo como familiares, notarios o comisarios.
Paralelamente a esta etapa triste de la historia, Rute dio hijos preclaros como fue el citado Don Alonso Domínguez. De entre ellos sobresale la figura señera de Don Juan de Aguilar. Nace este ilustre ruteño en 1577 y fallece en Antequera, donde detentaba la Cátedra de Gramática, el 4 de Diciembre de 1634. Fue amigo personal del Abad de Rute y de Don Luis de Góngora, con el que se presentó al certamen literario que se celebró en Córdoba con motivo de la beatificación de Santa Teresa de Jesús, en el que resultó ganador el epigrama del maestro ruteño.
Igualmente Lope de Vega mantuvo correspondencia con el humanista ruteño y en su «Laurel de Apolo» deja constancia de su admiración por el ilustre ruteño:
«...Y en la misma ciudad Aguilar sea
Su fama, y su esperança,
Y sin auerlo visto nadie crea,
Que sin manos escriue,
Estoruos fueron vanos
Pues el ingenio le sirvió de manos...»
Otra personalidad que destacó en aquella época fue la del Abad Don Francisco Fernández de Córdoba, que si bien no nació en Rute, desarrolló en él buena parte de su labor literaria. Fue el más culto de los abades; canónigo archivero de la catedral de Córdoba, fue compañero de cabildo de Luis de Góngora y amigo de Pablo de Céspedes. Entre sus escritos más famosos sobresalen «Historia y descripción de la Antigüedad y descendencia de la Casa de Córdoba». Falleció en Rute el 26 de julio de 1626.
Un poco más tardíamente destacó aunque no en Rute otra persona excepcional: Don Francisco García Roldán,.Nacido el 28 de Abril de 1664, sentó plaza de guardiamarina y más tarde con el grado de teniente mandaría una galera real de la base de Cartagena donde fundó en los albores del siglo XVIII el Hospital de la Caridad y la hermandad sobre la que recaería su sostenimiento y gobierno, gracias a la cual. en la actualidad sigue prestando sus servicios en aquella ciudad mediterránea.
Igualmente cabe destacar la figura señera de Don Alfonso de Castro Gómez Hurtado y León, nacido en Rute el 31 de Diciembre de 1732. Ingresa en la milicia en la que hace una brillante carrera llegando a desempeñar el gobierno de la provincia de Subtiaba, de la Audiencia de Guatemala, en nombre de Carlos III. Por su testamento otorgado el 18 de Diciembre de 1797, funda el Hospital de su nombre, que hasta no hace muchos años ha permanecido con sus puertas abiertas, aunque últimamente como residencia de ancianos.
En aquellos años de los siglos XVI y XVII, que son en los que se configuró y desarrolló Rute, era un pueblo eminentemente agrícola con escasa industria centrada en la transformación de lo que daba su rico suelo: algún molino de harina y otros de aceite. También empieza a producir sus aguardientes, destilando el caldo que obtenían de las uvas de sus viñas; pero en lo que sí desarrolló y adquirió fama más allá de su comarca fue en el jamón, hasta el punto de que Don Miguel de Cervantes hace juicios elogiosos de él en dos de sus novelas ejemplares: «El Casamiento Engañoso» y en «La Gran Sultana Doña Catalina de Oviedo».
En 1680, el médico de la villa Don Martín de Arcos y Rojas informa al Corregidor de la presencia de peste, lo que obligó al mandatario ruteño a cerrar las puertas para controlar la enfermedad que causó verdaderos estragos entre la población. A pesar de ello y de la continua leva de soldados Rute se desarrolla a buen ritmo, consiguiendo situarse entre los primeros pueblos de la comarca; la abundante inmigración que recibe, toda ella vinculada al campo, la mayoría jornaleros, produce el aumento -tal vez desmesurado- de esta clase social que crea el primer conflicto social al no haber trabajo para todos. Ante esta situación el Duque de Sessa, en carta remitida al Ayuntamiento de Rute, de 25 de Abril de 1797, consiente repartir tierras de su patrimonio a los braceros, imponiendoles a éstos un canon moderado. En virtud de lo cual se desmonta la dehesa del Pamplinar y se repobla de olivos. Tal medida representa un cambio radical de la política medioambiental decretada por el Abad Don Juan, a mediados del siglo XVI que prohibía bajo fuertes sanciones la tala de encinas y chaparros.
Sin embargo, como tantas veces ha ocurrido a lo largo de la historia, el repartimiento que madara hacer el Duque de Sessa no lo ejecutaron sus administradores conforme al espíritu con que se concibió, por lo que lejos de arreglar la tensión social, aumentó el descontento de los braceros durante varias décadas, de lo que administradores y autoridades hicieron oídos sordos, mientras se adjudicaba el administrador del Duque el cortijo de los Aguilares; la finca de la uvada de Pepico, un escribano y el cortijo de las Pilas otro. Tales medidas fueron el detonante que provocó, al fin, una revuelta del campesinado que en masa y haciendo sonar caracolas se dirigió la mañana del 23 de Agosto de 1804 al pago de la Mata donde, tomándose la justicia por su mano, se repartieron la tierra que allí poseía el duque.
Esta revuelta que se llamó «La marcha de las caracolas», obligó al teniente coronel Don Pedro Villacañas a desplazarse de Córdoba para sofocar el amotinamiento y hacer un seguimiento exhaustivo del mimo, que terminó en un proceso en el que salieron muchos ruteños inculpados junto con algún regidor del ayuntamiento que los había apoyado y cuyos gastos judiciales ascendieron a 2.632 reales.
Estas protestas venían ya de la anterior centuria como consecuencia del aumento demográfico de la clase trabajadora. Protestas que siempre procuraron atajar tanto el abad como el Conde de Cabra cuando tenían noticia del malestar de la clase trabajadora, repartiendo tierras entre los jornaleros. Sin embargo este problema se agravó con la secularización de la Abadía, solicitada por el Marqués de Altamira y Conde de Cabra a Carlos IV y a Pío VI que por su Breve dado en Santa María la Mayor de Roma, el 4 de Agosto de 1795, aprobó la secularización y en su lugar erigir un Caballerato para que lo disfrutase perpetuamente el segundo hijo del conde, a quien se dio el título de Caballero de Rute, con la condición de construir a su costa la Iglesia de Zambra y fundar y dotar en ambos pueblos escuelas gratuitas, algo que el nuevo señor no cumplió, por lo que cuando las Cortes de Cádiz suprimieron los señoríos, él perdió los diezmos correspondientes a sus estados señoriales al no haber cumplido las obligaciones que por dicha razón adquirió.
